Cuốn Nam y nghiệm phương gồm 6 phần chính:

Phần một: Các bài thuốc trị các bệnh nội khoa.

Cảm sốt, phong tê thấp, tiêu hoá, gan mật, tiết niệu, tim mạch, hô hấp, thần kinh, bổ dưỡng...

Phần hai: Các bài thuốc trị bệnh phụ khoa:

Kinh, đối, thai, sản

Phần ba: Các bài thuốc trị bệnh trẻ sơ sinh và trẻ em (Nhi khoa)

Phần bốn: Các bài thuốc trị bệnh Ngũ quan: '

Răng miệng, mắt, tai mũi họng, ngoài da.

Phần năm: Các bài thuốc trị bệnh ngoại thương (Thương khoa):

Gãy xương, bong gân, trật khớp, vết thương phần mềm, bỏng...

Rắn rết côn trùng độc cắn.

Phần sáu: Phụ lục

- Một số bài thuốc chữa ngộ độc, giải độc.

- Một số bệnh án nội khoa hay.

- Đại cương về bào chế Đông dược

- Bảng tra cứu giải thích một số danh từ Đông y gặp trong cuốn sách

W- Bảng tra cứu tên các vị thuốc, cây thuốc được sử dụng trong các bài thuốc. (Tên thường dùng, tên khác, tên khoa học)

- Bảng tra cứu phân loại các bài thuốc theo chứng bệnh: Để các độc giả tiện tra cứu khi sử dụng. Tuy nhiên sự phân loại này cũng chỉ là tương đối không thể chính xác tuyệt đối được. Bởi vì một bài thuốc có nhiều tác dụng trị bệnh khác nhau nên khi sử dụng độc giả cần xem kỹ phần hướng dẫn chủ trị đối chiếu vối hội chứng lâm sàng mà ứng dụng điều trị một cách linh hoạt.

Cuốn sách giới thiệu gần 3000 bài thuốc sử dụng gần 900 vị thuốc (chủ yếu là các bài thuốc nam, thuốc dân tộc và một số” ít cổ phương của Đông y đã được Việt Nam hoá) hầu hết là những bài đã được sử dụng chọn lọc ỏ các cơ sở điều trị, nghiên cứu của Nhà nước, của Quân y, của Hội Đông y Việt Nam, có nhiều bài có cùng một tác dụng giống nhau, từ những bài thuốc chữa bệnh giản đơn theo đối chứng trị liệu, đến những bài thuốc chữa bệnh phải vận dụng theo biện chứng luận trị ở trình độ cao đến các thầy thuốc và bạn đọc chọn lựa sử dụng.

Các bài thuốc giới thiệu trong cuốn sách hầu hết là những bài thuốc nam kinh nghiệm của các lương y và nhân dân cống hiến không có tên gọi, tác giả đã chủ động đặt cho một tên gọi thích hợp để tiện sử dụng.

Tên một số vị thuốc nam trong một số bài thuốc dùng tên gọi riêng của địa phương của dân tộc, được đối chiếu tìm hiểu ghi thêm tên gọi phổ thông ỏ bên cạnh như: Tua rễ Gừa (Tua rễ Đa), Mã chiên (Mã tiên thảo), Thàu tan huyết (cây tan huyết), Cẩu ngầu lực (Thổ phục linh), Chù chuây mây (Dây chẽ ba) v.v... Một số vị không đối chiếu được tên phổ thông thì ghi thêm dấu ? ỏ trong ngoặc sau tên vị thuốc như: Lá thương bẩy (?), Độc muối (?) Dắc dốm (?) v.v... Phần phụ lục có bảng tra cứu tên các cây thuốc được sử dụng trong các bài thuốc có trong cuốn sách gồm tên thường dùng, tên khác, tên khoa học thuận tiện cho việc sưu tầm sử dụng, tránh nhầm lẫn.